Le Conseil municipal est l’organe suprême de prise de décision de la Commune de Šempeter-Vrtojba. Il décide de toutes les affaires s’inscrivant dans le cadre des droits et obligations de la Commune. Le Conseil, qui compte 16 membres élus pour un mandat de quatre ans, se réunit en sessions ordinaires, extraordinaires et solennelles.
Le Conseil municipal de la Commune de Šempeter-Vrtojba a adopté le Statut et le Règlement du Conseil municipal qui déterminent les modalités et les détails du fonctionnement, les procédures de décision et les relations avec les autres organes de la Commune.